胚胎移植40天如果出现胎停的情况，此时不可以进行药物流产。建议孕妇及时就诊，在医生的指导下根据具体情况选择合适的处理方式。

女性在进行试管婴儿时，需要将精子和卵子取出后置于培养箱中受精形成胚胎，再将发育至合适阶段的胚胎移植入子宫内进行着床、生长。若在此过程中出现胚胎停止发育，则说明移植失败，试管捐卵生孩子机构但该情况属于自然流产的一种类型，而进行药物流产并不能起到较好的效果，还可能会导致宫腔残留物排出不完全，从而引起阴道反复出血或宫腔感染等情况发生。因此，当胚胎移植40天发现胎停时，一般不可以选择药物流产的方式终止妊娠。

对于此类人群而言，应尽早到医院完善腹部彩超检查明确诊断，并遵医嘱使用益母草颗粒等药物促进子宫收缩，以帮助残余组织及蜕膜组织排出。同时还要注意加强营养物质摄入，如鸡蛋、牛奶以及新鲜水果和蔬菜等，有助于机体恢复。